1850´de Güney Arnavutluk´ta Permet´e yakın Fraşırî kasabasında doğdu. Tımar sahibi Fraşırî ailesinden Halit Bey’in beş oğlundan üçüncüsüdür. Diğer iki oğul, Naim ve Abdül, Arnavutluk tarihinde önemli roller oynamışlardır.

İlk eğitimini Bektaşi tarikât´a ait olan Nasîbi Tâhir Baba Tekkesi´nde aldı. Ortaöğrenimini bugünkü Yunanistan sınırları içinde kalan Yanya´da ünlü Zosimea Lisesi´nde tamamladı. Arnavutça, Eski ve yeni Yunanca, Fransızca ve İtalyanca´nın yanı sıra Türkçe, Arapça ve Farsça öğrendi. Aile geleneği doğrultusunda Bektaşi tekkesine devam etti.

Emine Hanım ile evli olan Şemseddin Sami, bir süre Yanya Mektubi Kalemi´nde çalıştı. 1871´da İstanbul´a geldi. Matbuat Kalemi´nde memur olarak göreve başladı. Memurluk yaparken bir yandan da ilk telif eseri olan Taaşşuk-ı Talat ve Fitnat adlı romanını 1872-1873 yıllarında forma forma yayınladı. Ebüzziya Tevfik´in çıkardığı Sirac ve Hadika gazetelerinde çalıştı. Vatan Yahut Silistre krizi esnasında bu gazete Yeni Osmanlılar lehine neşriyatta bulunduğu için kapatıldı. 1874´te Fransızca´dan çevirdiği İhtiyar Onbaşı adlı trajedisinin sahnede kazandığı başarı üzerine, Arnavut sorunlarını ele alan Besa adlı oyunu da Gedikpaşa Tiyatrosu´nda sahnelendi.

1880´te Abdülhamit´in isteği üzerine saraya alınarak mabeynde kurulan Teftiş-i Askeri Komisyonu´nun kâtipliğine getirildi. Ölümüne kadar koruduğu bu görev, onun ekonomik rahatlığa kavuşarak kitapları üzerinde çalışmasına imkân sağladı. Bu yıllarda Daniel Defoe´dan Robenson Kruzo ve Victor Hugo´dan Sefiller romanlarını Türkçeye çevirdi. 1882-83 yıllarında, büyük eserlerinin ilki olan Fransızca-Türkçe Kamus-ı Fransevi´yi, 1885´te de bu eserin Türkçe-Fransızca kısmını yayınladı. Bu eserden dolayı II. Abdülhamit tarafından İftihar Madalyası tevcih olundu. 1889´dan itibaren tek başına yazdığı ve dokuz yılda altı cilt olarak yayımladığı Kamus-ül A´lâm adlı ansiklopediyle, Türkiye´nin en popüler yazarlarından biri haline geldi