Kanuni’den sonra başa geçen padişahlar, medrese ve ilmiye sınıfının ıslahına çalışmışlarsa da başarı sağlanamamış, bozulma ve usulsüzlükler devam etmiştir. İlmiye teşkilâtındaki ıslah çalışmaları, biraz farklı bir yaklaşımla daha sonraki asırlarda da devam etmiştir. III. Selim, hemen her konuda ıslahata girişirken, ilmiyeye önem ve öncelik vermeye gayret etmiştir. Bütün bu gayret ve bakış açıları, genellikle klasik anlayışın bir devamı niteliğindedir. II. Mahmut döneminde de medreselerle ciddi bir şekilde ilgilenilmemiş, ilmiye mensuplarının sahip olduğu geniş imkânlar ve nüfuz sahaları yavaş yavaş ellerinden alınmaya başlanmıştır. Nihayet, 1826’da Evkaf-ı Hümayun Nezareti’nin kuruldu ve o zamana kadar ilmiyenin büyük ölçüde yararlandığı vakıf gelirleri nezaret vasıtasıyla devlet bütçesine aktarıldı. Bu uygulamadan vakıf gelirleriyle idare edilen medreseler zarar gördü. Bu dönem, medreseler açısından kaynakların elinden alındığı, yenilenme ve gelişmesi için hiçbir ciddi teşebbüsün yapılmadığı, bilakis kendi haline terk edilerek alternatif eğitim kurumlarının, yani Batı usulü eğitimin öngörüldüğü bir devir olmuştur.